Comenzamos el procedimiento con un estudio detallado del paciente para realizar un diagnóstico preciso. Este estudio, normalmente, se realiza con una exploración en la boca del paciente y una radiografía periapical. Aunque con el avance de la tecnología en materia odontológica ahora también es posible realizar una radiografía tridimensional, lo cual permite obtener datos más precisos y milimetrados. Con esta clase de radiografías es posible observar los nervios y raíces del interior del diente en tres dimensiones, de tal forma que ningún nervio o raíz queda oculto por otro, por lo que aporta en ciertas situaciones con casos complicados una seguridad mayor que una radiografía convencional.
Tras realizar el estudio, para eliminar la infección del diente, procedemos a abrir y limpiar la pieza dental afectada, eliminando los restos orgánicos o tejidos blandos de la corona del diente y se localizan los nervios de las raíces del diente. Con los nervios localizados se suprime todo el material de las raíces. Ésta es la parte de la endodoncia más compleja y delicada, debido a la estrechez de los conductos y las irregularidades que presentan.
Eliminada la infección, se rellena el diente de un material específico, llamado gutapercha, y se realiza la reconstrucción del diente.